无独有偶，基因转录的分析过程也面临同样的挑战。“大多数基因包含了多个外显子，以至于mRNA的长度比阅读范围的长度要长。”Personalized Healthcare 的Brenton Gravely博士表示：“因此，利用长链阅读来准确无误的了解特定样品中存在哪一种异构体，是不太可能的。”
Oxford Nanopore是一家备受关注基因测序公司。去年春天，Oxford Nanopore率先推出了基于纳米孔技术的测序仪MinION。尽管 后来Oxford Nanopore推迟了正式发布的时间，但公司已经确实将它的技术推广到大众。目前，超过1000家研究团队使用是MinION测序仪。
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