弄清了细胞凋亡的分子机制后，细胞生物学家不久又发现，细胞还能通过其他方式自杀。自噬作用立即成为首要关注对象。一个称呼的变化就反映了这段历史：细胞凋亡也叫I型细胞程序化死亡，而自噬作用有时被称为II型细胞程序化死亡(对于这种命名方式，科学界还存在着争议)。
自噬作用能通过两种方式导致细胞死亡：一是自噬体不断消化细胞质中的组分，直至细胞死亡；另一种则是直接激发细胞凋亡。为什么防止细胞非正常死亡的生理过程，有时又会导致细胞死亡？在这个令人困惑的问题背后，很可能藏着一个绝妙的答案。细胞凋亡与自噬作用联系紧密，两者间保持着微妙的平衡。如果细胞器的损坏程度过于严重，超出自噬作用的控制范围，细胞就不得不死亡，以维护整个生物体的利益。随后，细胞可能以程序化死亡的方式结束生命：自噬过程一直进行，直到细胞死亡；或者发出信号，直接引发细胞凋亡，并把自噬作用作为诱导细胞死亡的备用系统。目前，最受关注但又极具争议的两个研究领域是：自噬作用与细胞凋亡如何关联；自噬作用本身是否应该被看作细胞死亡的一种途径。
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