而且这块水晶头骨的拥有者安娜的陈述也露出了很多破绽。她在1962年接受采访时说，水晶头骨是在三十年代末，由她的父亲在一次挖掘玛雅遗址的时候发现的；1968年，她给一个研究水晶头骨的专家写信时又说头骨是在1926年发现的；1982年，她回答学者尼克尔的询问时称，发现头骨的日期是1924年；最后在1995年出版的《水晶头骨之谜》里，又说水晶头骨是在自己17岁生日那一天发现的。前后的矛盾更加深了人们对它真实来历的怀疑。
2008年，由英国和美国科学家组成的研究小组使用电子显微技术和X射线结晶技术对不列颠博物馆和美国史密森尼博物馆内珍藏的水晶头骨进行了检测，水晶头骨表面的详细分析显示，在眼眶、牙齿和头盖骨附近有极细微旋转划痕，很明显这种切割打磨技术源自一种叫做“旋转轮”的珠宝加工设备，而古玛雅人并未掌握这种加工技术，这种工具在前哥伦布时代的美洲大陆上根本就不存在。
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